Kedatangan armada asing dari Barat pada awal abad ke-16, dimulai oleh Portugis, merupakan ancaman sekaligus peluang bagi Kerajaan Nusantara. Awalnya, mereka disambut sebagai mitra dagang baru rempah-rempah yang menguntungkan. Namun, motif Gold, Gospel, dan Glory yang dibawa bangsa Eropa segera menimbulkan kecurigaan dan perlawanan.
Ketika tujuan asing berubah dari berdagang menjadi monopoli dan penjajahan, Kerajaan Nusantara menunjukkan reaksi keras. Kesultanan Malaka, sebagai pusat perdagangan penting, menjadi benteng pertahanan pertama melawan ambisi Portugis. Meskipun akhirnya Malaka jatuh pada 1511, ini adalah deklarasi perlawanan bahwa kedaulatan tidak akan diserahkan dengan mudah.
Kesultanan Aceh Darussalam muncul sebagai kekuatan maritim baru yang gigih menentang hegemoni Portugis di Selat Malaka. Sultan Iskandar Muda, misalnya, memimpin serangan besar-besaran untuk mengusir armada asing tersebut. Aceh juga menjalin aliansi dengan kerajaan Islam lain, seperti Turki Utsmani, demi memperkuat pertahanan dan persenjataan.
Di Jawa, Kesultanan Demak yang dipimpin Pati Unus melancarkan serangan terhadap Malaka untuk membebaskan jalur dagang Islam yang terancam. Meskipun serangan ini gagal, tindakan tersebut menunjukkan kebulatan tekad politik dari Kerajaan Nusantara untuk melindungi kepentingan ekonomi dan agama mereka dari gangguan asing yang berbahaya.
Di Timur, perlawanan sengit datang dari Maluku, terutama Kesultanan Ternate, yang melawan upaya monopoli Portugis. Sultan Baabullah, setelah ayahnya Sultan Khairun dibunuh licik oleh Portugis, memimpin pengepungan benteng yang berujung pada pengusiran Portugis dari Ternate, menegaskan martabat pribumi.
Secara umum, reaksi Kerajaan Nusantara bervariasi: dari sambutan ramah karena motif dagang, hingga perlawanan bersenjata setelah motif penjajahan tersingkap. Sayangnya, perlawanan bersifat lokal dan sering terpecah belah, membuka celah bagi taktik devide et impera (pecah belah dan kuasai) yang efektif digunakan oleh armada asing.
Meskipun banyak perlawanan lokal yang pada akhirnya dipatahkan, jejak perjuangan yang dilakukan oleh Kerajaan Nusantara ini membentuk fondasi penting. Semangat patriotisme dan penolakan terhadap penjajahan adalah warisan yang diwariskan kepada pergerakan nasional selanjutnya.